Estamos en el siglo XXIII. La nave de la Federación U.S.S. Enterprise se encuentra realizando maniobras rutinarias, y el Almirante James T. Kirk parece aceptar con resignación que esta inspección podría suponer la última misión espacial de su carrera.

Pero Khan ha regresado, un brillante renegado de la Tierra del Siglo XX, ha invadido la Estación Espacial Regula Uno, ha robado un dispositivo de alto secreto llamado proyecto Génesis, se ha hecho con el control de otra nave de la Federación, y ahora prepara las trampas para su acérrimo enemigo Kirk... ¡con la amenaza de provocar un Armagedón Universal!