En un futuro próximo, la raza humana ha experimentado un salto en la evolución. El resultado son los mutantes, seres dotados de poderes sobrehumanos muy peligrosos para el resto de la humanidad. Mientras el senador Robert Jefferson Kelly aboga en el Congreso por un estricto control de todos los mutantes, éstos se agrupan en dos facciones.

Una, liderada por el profesor Charles Xavier, intenta demostrar a los humanos normales que no son un peligro para ellos. La otra, dirigida por un poderoso mutante llamado Magneto, apuesta por la confrontación total con el hombre.